Una de las características mas útiles de iTunes es su capacidad de encontrar archivos duplicados almacenados en la biblioteca. Esta opción se encuentra en el menú Archivo y permite identificar las canciones duplicadas en nuestra biblioteca. Pero si esta ocpión no es lo suficientemente potente para ti, es posible ir un poco mas allá haciendo que iTunes encuentre los duplicados exactos (según cree la aplicación).
Si pulsas la tecla ⌥ (opción) mientras tienes desplegado el menú archivo, verás que la característica para buscar duplicados se renombra a buscar duplicados exactos lo que te permitirá identificar rápidamente esas canciones que han sido añadidas dos (o más) veces a tu biblioteca, posiblemente por culpa de un archivo .m3u.
Para eliminarlos, simplemente selecciona los duplicados y pulsa ⌘+⌥+tecla borrar e iTunes te preguntará si quieres eliminar esas canciones de la biblioteca y trasladar los archivos correspondientes a la papelera.
Fuente: Mac OS X Hints
Si tenéis iTunes para Windows, hay que pulsar «Mayúsculas» antes de seleccionar el menú «Archivo».
Gracias por el consejo. Me va ha ser muy útil.