Si, una vez mostrados los archivos invisibles en OS X por el método tradicional (hay que añadir la preferencia de nuevo en Sierra, el instalador la elimina) Si abres el Terminal y añades el comando
ls -a
verás que aunque no se muestren en el Finder, sí que siguen estando y ocupando, evidentemente sus funciones.
Esto solo deja el Terminal como aplicación para eliminar el correspondiente .DS_Store, ya que al no estar visibles incluso mostrando los archivos invisibles, no se puede usar el interfaz.
Bueno, en mi caso no uso el Finder si puedo evitarlo, todo lo hago por el Terminal e iTerm2. Es una lastima pero me fui a OS X huyendo de las tonterias de Linux y me tocara volver a Linux huyendo de las tonterias de macOS. Cada version es mas innecesaria y con una ristra de tonterias inutiles mas y mas grande. Sin embargo lo que si le tocaba hace muchos años era mejorar el FS y segun escribes sera para el 2018. Apple no eres para mi.
Pues es un problema, por ejemplo, cuando paso algún pen usb (¿alguien los utiliza todavía?) a un usuario de otro sistema operativo, le aparecen dichos ficheros y se quedan bastante perplejos.
Para solucionar esto, cuando desmonto un pen usb, en vez de lanzarlo a la papelera, tengo un aplicación en el Dock llamada Hidden Cleaner, que justamente limpia estos ficheros, pero supongo que con estos cambios, dicha aplicación no tiene utilidad alguna, a no ser que saquen alguna actualización, cosa que hace años que no hace el desarrollador.
PD: Veo que la gente de Clean My Mac han sacado Clean My Drive 2, que creo que sirve también para eso y mucho más. Adiós a Hidden Cleaner.