Para ordenar las notificaciones en el centro de notificaciones, abre Preferencias del sistema > Notificaciones y en el menú contextual de la parte inferior elige la opción manualmente por aplicación.
Ahora en la barra lateral izquierda, donde están todos los iconos, pincha y arrastra arriba y abajo cada icono para elegir un orden específico al respecto de las notificaciones.
Una vez tengas seleccionado éste modelo de trabajo, si por ejemplo has colocado Mail, se mostrarán todas las notificaciones del cliente de correo ordenadas por fecha descendente siempre en primer lugar, y así con el resto de aplicaciones en función del orden que hayas predefinido.