La activación de Compartir Documentos y Escritorio se hace en el primer momento de la configuración del Mac, tras la instalación. Después, este comportamiento se puede activar en Preferencia del Sistema > Panel de control iCloud > iCloud Drive < Configurar para activar la correspondiente casilla. Se activa para los dos, no hay forma de elegir uno u otro.
Vamos a explicar ahora (para humanos) lo que pasa. Apple trata iCloud igual que un disco duro externo, con muchas peculiaridades. El caso es que al activar estas casillas ambas carpetas de Documentos y Escritorio se moverán a iCloud Drive y Apple introduce un método de redirección a esas carpetas para scripts, cuadros de diálogo, etc. Por eso cuando ejecutas el atajo de teclado ⌘D te lleva al escritorio a la hora de guardar algo, aunque la carpeta está ahora mismo en iCloud Drive.
¿Qué pasa si decides que esta característica no es para ti, porque tienes solo un Mac y no tienes un iPhone o iPad, o por cualquier otra razón, como por ejemplo que tienes poco espacio en iCloud como para almacenar esas carpetas? Desde el primer momento he apuntado que el uso de esta característica requiere o muchísimo espacio que hay que pagar o la reubicación de ciertas carpetas o por ejemplo, las máquinas virtuales a un entorno totalmente local (otra ubicación en el disco o un disco duro externo)
Lo que ocurre al desactivar la casilla de Compartir Documentos y Escritorio es que se crean ambas carpetas. Nuevas. Y vacías. Lo que había no se ha trasladado a tu unidad de almacenamiento de trabajo sino que esos archivos siguen allí, en iCloud, por lo que tendrás que trasladar los contenidos de iCloud Drive los archivos de la carpeta Escritorio a la nueva carpeta Escritorio y lo mismo para Documentos. Luego debes borrar el contenido almacenado en iCloud para ambas carpetas, sabiendo que ya lo tienes en «local» o te van a consumir el doble de espacio de disco y además en iCloud.
Yo me cuidé muy mucho de activarlo en cuanto lo vi, es una opción que no me gusta nada, básicamente por dos razones : No tengo necesidad de gastarme dinero para albergar semejante cantidad de gigas, y segundo, tengo un Time Machine y, además, un disco usb en el que, automáticamente, tengo un clon de una serie de carpetas del disco del sistema, como Mis documentos, Escritorio, etc.
Por supuesto, tampoco me gusta tener en la nube de Apple todos mis datos personales y privados, porque no, y porque no me fío de que los vaya a tener disponible cuando me hagan falta, que es todo el día a cualquier hora.