En mi caso ha sido el archivo de .knowhosts (Aquí tienes un excelente tutorial de qué es este archivo, como funciona y para qué se utiliza) que por la razón que sea no me estaba reconociendo un servidor en concreto. Al final, después de darle varias vueltas al asunto, he podido determinar que el archivo, por alguna razón ignota, se había corrompido.
La solución es sencilla: restaurarlo desde una copia de seguridad, en mi caso, Time Machine. Pero como es una archivo invisible, hay que entrar en Time Machine “mostrando los archivos invisibles”. Un buen interruptor para activar los archivos invisibles lo puedes encontrar en este truco sobre Applescript, el ejemplo es ideal.
Así que una vez activados los archivos invisibles, solo tienes que entrar en TIme Machine, navegar hasta el archivo en cuestión (en mi caso, ~/.ssh) y restaurar el correspondiente archivo invisible.
Después, se desactiva la visualización de los archivos invisibles y listo.
