El truco es, simplemente, poner el cursor encima del icono del Dock pero sin hacer clic, de forma que deje inmediatamente de botar, todo sin la necesidad de invocar la aplicación y sin dejar lo que estás haciendo.
Esto sirve para aquellas aplicaciones que notifican o que mandan mensajes de error. Da igual, si el icono bota, cursor encima y solucionado.