En el Finder, en OS X, puedes acceder a la carpeta de documentos de iCloud y trabajar con los documentos allí incluidos. Algunas aplicaciones incluyen carpetas especiales que se utilizan para la sincronización de documentos como es el caso de la suite iWork. Tu puedes guardar documentos desde el Finder en esa ubicación y se sincronizan con tu iPhone e iPad.
El problema es que estas carpetas no permiten las carpetas anidadas. Tu puedes añadir una carpeta dentro de la carpeta de Pages, por ejemplo, y añadir allí un buen montón de documentos, pero no puedes crear otra carpeta dentro de esa carpeta para añadir una subdivisión de esos documentos porque ni el iPhone ni el iPad pueden verla: solo admiten un único nivel de carpetas dentro.
Esto solo ocurre cuando trasladas una carpeta con sus subcarpetas desde el Finder hasta iCloud, ya que si intentas crear una subcarpeta dentro ya de la estructura de la carpeta de iCloud, no te deja, con lo cual resulta un poco difícil descubrir cual ha sido el error y como filtrarlo.
¿Sería rizar el rizo tenerla para plantillas, histórico y copias de seguridad? quiero decir que se haría una copia en iCloud y las tendrías disponibles desde OS X, pero solo me saldrían el los iOS los que suelo utilizar.
No es mala!
No es una mala idea. De hecho, aunque lo tendría que probar, es factible que con tras aplicaciones que tienen acceso a iCloud Drive puedas navegar por esa estructura de carpetas no visibles por iWork y utilizar la aplicación para desplazar documentos a ubicaciones visibles o directamente abrirlas con la correspondiente aplicación. Documents de Readdle es una buen ejemplo de aplicación.