Apple ha publicado una nota en su base de datos y conocimientos con una breve explicación de que hacer si Aperture 3 se cierra inesperadamente al intentar arrancar o al introducir el número de serie de la aplicación, especialmente si estás actualizando Aperture desde una versión anterior.
El problema radica en como maneja Aperture los archivos Aperture System ID y ProAppsSystemID.
Para solucionar el problema, según la nota publicada por Apple, debes seguir estos pasos:
/Library/Application Support/ProAppsUna vez se haya aceptado el número de serie, ya puedes borrar de forma segura los dos archivos que has arrastrado al escritorio.