Según muestra este comentario de TeddyTheBear, hay un problema con Stuffit Expander que amplía un archivo, pero produce archivos invisibles.
El problema puede manifestarse de modos muy temibles, dando la impresión de que los datos se perdieron. A veces un archivo se ampliará en una carpeta vacía, o a veces la carpeta contendrá sólo uno o dos archivos (cuando debería contener muchos más), o a veces sólo uno o dos archivos “fallarían” (invisibles). En la actualidad si el archivo se ampliara sin errores todos los datos probablemente salieron bien. Si usa Terminal para mirar la carpeta ampliada debería ver todos los archivos y carpetas “perdidos”. Unicamente no son visibles en el Finder.
Este suele pasar si tiene habilitado Finder-> View-> ShowViewOptions-> ShowItemInfo.
Jamie Zawinski
Fuente: MacOSXhints
Particularmente yo ya no le veo tanto sentido usar StuffIt. Cuando descomprimes cosas .sit te encuentras casi siempre que no respetan el bit de executable de las aplicaciones: no arrancan, tienes que irte al terminal y hacerle un chmod +x (horroroso a estas alturas)!!!
Apple introdujo el más estándard .zip como parte del sistema y va perfecto, ningún problema. Y además, para los que queremos usar contenidos sin descomprimir están los maravillosos .dmg (comprimidos o no, escribibles o no), geniales. ¿Quién necesita más?