En FaceTime puedes especificar la fuente de entrada de sonido a la hora de iniciar una video o audio conferencia. Generalmente pensamos que debemos modificar la entrada sonido por defecto del Mac, pero no es así.
Simplemente abre FaceTime y en el menú Vídeo dispones de la opción de elegir la entrada de sonido que necesites en FaceTime sin la necesidad de modificar la entrada de audio por defecto en el Mac.