Para ejecutar los flujos de trabajo de Automator desde el Terminal solo hay que invocar la aplicación que los ejecuta para luego, añadir la ruta al flujo de trabajo correspondiente. Un ejemplo del comando sería:
/usr/bin/automator /ruta/flujo.workflow
Si consultas la documentación de automator en el Terminal[note]man automator[/note] tienes algunas opciones adicionales para ejecutar como el modo verboso -v que muestra los resultados de la ejecución del flujo de Automator.