Lo que ocurre es que Chrome envía esas contraseñas que has utilizado en ese navegador directamente a tus llaveros, pero cuando las borras estas contraseñas no se borran en Chrome si no que lo que ocurre es que cuando llega el momento se vuelven a sincronizar y se vuelven añadir. Al volverse a añadir auto-mágicamente se sincronizan con Safari y de nuevo volvemos a tener el mismo problema.
Para solucionarlo lo que tienes que hacer es purgar esas contraseñas directamente en Chrome y luego eliminar las de Acceso a Llaveros o en Safari para que dejen de aparecer de una vez. La gestión de contraseñas en Chrome se realiza a través de Preferencias > Configuración avanzada > Contraseñas y Formularios > Administrar contraseñas donde debes eliminar esas contraseñas que ya no te interesan y evitar así la sincronización.