Al estar ésta ubicación protegida en ambas rutas por SIP:
/System/Library/CoreServices/CoreTypes.bundle/Contents/Resources/XProtect.plist
/System/Library/CoreServices/CoreTypes.bundle/Contents/Resources/XProtect.meta.plist
Resulta imposible por parte del usuario modificarlos sin desactivar SIP de forma completa para activar ciertos plugins antiguos para el navegador que permitan acceder a aplicaciones no compatibles con las versiones más modernas, con lo que esas aplicaciones que requieren versiones anteriores de Flash o Java no pueden funcionar y no es factible modificar el sistema sin romper SIP.
Hay una forma, no obstante, de rodear el problema añadiendo los sitios web que requieren de estas versiones antiguas para funcionar a la lista blanca de sitios permitidos en la pestaña Seguridad de Safari de forma que Xprotect da paso a esos plugins.
También es factible ofrecer paso a esos plugins antiguos a través de un perfil de configuración de OS X Server. Apple ofrece información detallada de esta configuración en un artículo de su base de datos y conocimientos para Safari 6.1.2 y 7.0.2 en la que se facilita la carga de ajustes personalizados.