Para activar esta autodetección, solo hay que añadir esta línea al terminal, disponible en Aplicaciones > Utilidades:
defaults write com.apple.trackpad.orientation TrackpadOrientationMode 1
El sistema automático de detección se activará después de reiniciar, al desconectar y reconectar el Magic Track Pad o realizando algún cambio en el Panel de Control en Preferencias del Sistema. Simplemente deja descansar los 5 dedos en el Magic Trackpad después de girarlo y el Mac ajustará el eje de coordenadas para el dispositivo.
Si no te funciona este comando para el terminal, tienes la opción de activarlo de otra manera:
sudo defaults write com.apple.MultitouchSupport ForceAutoOrientation YES
Necesitarás la contraseña del administrador para ello.
Para desactivar el sistema de autoorientación, para la primera opción deberemos introducir en el Terminal:
defaults write com.apple.trackpad.orientation TrackpadOrientationMode 0
y para la segunda opción:
sudo defaults write com.apple.MultitouchSupport ForceAutoOrientation FALSE
Fuente: Mac OS X Hints