Este es el caso: Te compras el iPhone 4. Antes de nad haces una copia de respaldo del iPhone 3GS (o 3G) para que iTunes copie toda tu actividad reciente. Conectas el iPhone 4 y lo restauras desde esa copia de seguridad. FaceTime ha desaparecido.
No te vuelvas loco ni le des con un martillo vengador al pobre iPhone 4, que él no tiene la culpa. Si te ha pasado eso, tienes que volver a activarlo: Ajustes > Teléfono > FaceTime