En el Mac, estos archivos se cachean para que sea mucho más fácil acceder a ellos, pero una vez borrados queda la caché residente lo que implica que su mueves gran cantidad de archivos esa caché crece y crece.
Esa caché, no obstante, puede purgarse. Los archivos asociados, si son necesarios podrán volver a descargarse al sincronizar las notas.
Para purgar esa caché, abre las preferencias de Wunderlist y en la pestaña General, en la parte inferior, tienes un botón para purgar la caché local de archivos y eliminar esa información.