Para solucionar este problema hay que acudir al Terminal, para forzar la descarga de todas las actualizaciones y su instalación, y de paso, solucionar el problema por el que no aparecen las actualizaciones disponibles en la ventana de la Mac App Store, así que con el Terminal abierto introduce el comando:
sudo softwareupdate --install --all
Y se solucionará el problema.
Gracias por el tip. Hace días encontré otra solución y es que la ventana de actualizaciones no mostraba las pendientes y se quedaba como cortada en la parte de arriba. Leí que buscando las pendientes de actualización en la pestaña de compradas, y pulsando ahí el botón, se arreglaba. Funcionó pero en siguientes inicios de sesión ya no aparece en la pestaña de actualizaciones el registro de las ya realizadas. Además he notado que el servicio sofwareupdated se queda congelado, ocupando más de dos gigas de RAM, y tengo que terminarlo con el comando sudo kill -9 PID. Creo que esta actualización de Sierra ha venido con varios fallos, hay algún programa que ha dejado de funcionar, y tanto en el Mini como en el MBP aparece una ventanita extraña, que no estaba en el escritorio, cuando la pantalla se pone en negro al cerrar sesión. Esperemos que lo arreglen pronto.
A mí tampoco me aparecen ahora en Actualizaciones el histórico de las que he hecho, es más, se me acaba de actualizar iTunes a la 12.5.3, según Apple el mal funcionamiento de la ventana de actualizaciones se debía a iTunes 12.5.2 pero, después de actualizarlo, Actualizaciones de la App Store sigue igual.
A ver cuándo lo soluciona de verdad Apple.