Realmente la clonación era posible, pero el problema es que se desactivaba SIP por lo que los usuarios perdían toda la protección del sistema y para recuperarla había que reinstalar OS X 10.11 El Capitan encima.
Sin embargo, con las últimas versiones betas, Apple ha habilitado la copia de com.apple.rootless de un disco a otro usando, por ejemplo, SuperDuper! Con lo que se podrá seguir utilizando este sistema para copias de seguridad, creación de imágenes de disco como respaldo o transferencia de sistemas entre Macs.
Lo que es un gran respiro.