Para solucionar este problema siempre puedes crear carpetas de buzones inteligentes, una opción que está disponible en el menú Buzón > Nueva Carpeta de buzones inteligentes. Una vez creada esa carpeta, solo tienes que pinchar y arrastrar los correspondientes buzones inteligentes directamente dentro de esa carpeta.
El problema en Mail 6.6, la última versión para OS X 10.8 Mountain Lion es que si pinchas en la carpeta, simplemente en la zona de lectura de correos no se ve nada, pero en OS X 10.9 Mavericks se ha añadido una nueva mejora en Mail que permite ver todos los correos de los buzones inteligentes asociados a esa carpeta, lo que resulta no solo muy cómodo, sino también muy productivo.