¿Cómo optar entonces a que todos los enlaces a vídeos de Youtube se abran en la versión móvil de la web y no utilicen la aplicación?: modificando las preferencias en iOS. Para ello, accederemos a Preferencias > General > Restricciones, activarlas y desactivar YouTube.
A partir de ese momento, los vídeos de YouTube se abrirán en la versión móvil de la web y no a través de la aplicación iOS.
Vía: Mac OS X Hints
A mi me gustaría un truco para hacer lo contrario y forzar todos los enlaces de YouTube a la app. Me gusta la organización y la usabilidad de la app nativa mucho más.