Siempre es recomendable por no decir imprescindible tener una copia de seguridad de Time Machine, pero si no lo utilizas porque tus copias de seguridad están basadas en otros sistemas o software, el sistema aún así te preguntará si quieres utilizar ese disco para activar Time Machine.
Para desactivar ese comportamiento, abre el Terminal en Aplicaciones > Utilidades y añade el siguiente comando:
defaults write com.apple.TimeMachine DoNotOfferNewDisksForBackup -bool true
Para desactivar el comportamiento y OS X te vuelva a preguntar cada vez que introduces un disco, entonces usaremos el comando:
defaults write com.apple.TimeMachine DoNotOfferNewDisksForBackup -bool false