Las cookies de Flash se almacenan en la carpeta tu_usuario/Library/Preferences/Macromedia/Flash Player/#SharedObjects y son comunes a todos los navegadores, da igual cual utilices. Para borrarlas, si trabajas en local, simplemente arrastra la carpeta #SharedObjects a la Papelera y vacíala. Si, sin embargo, tienes que hacer esta operación de forma remota, puedes hacerlo usando el Terminal con este comando:
rm -fr /Users/*/Library/Preferences/Macromedia/Flash Player/#SharedObjects
Que eliminará de todos los usuarios de ese ordenador la carpeta de cookies almacenada por Flash.
Buena línea.